El mundo más importante del Imperio es Arrakis, conocido también como Dune por ser un vasto desierto del tamaño de un planeta. Aquí es donde se encuentra la especia, una sustancia necesaria para los viajes interplanetarios. Quien controla Arrakis controla la especia. Y quien controla la especia controla el universo. Dune: Guerra por Arrakis pone a los jugadores en el papel de los jefes de las Casas Harkonnen y Atreides durante los acontecimientos de la Guerra del Desierto. Cada uno tiene sus propios objetivos y recursos para asegurarse de que, al final, el control de la especia sea suyo.